根据中国科学技术部国科发基函[2009] 631号文“关于煤炭资源与安全开采等11个国家重点实验室通过验收的通知”精神，2009年科技部对包括矿床地球化学国家重点实验室在内的11个实验室的建设计划分别组织了专家验收。验收专家认为，这些实验室在凝练研究方向、条件建设、队伍建设、运行管理和制度建设、开展科学研究等方面做了大量工作，取得了重要进展，完成了既定的建设任务，达到了国家重点实验室标准。科技部对验收专家的意见进行了认真研究，决定同意这11个实验室通过验收。

从2009年11月起，矿床地球化学国家重点实验室正式进入国家重点实验室行列。希望全室人员进一步发扬“艰苦奋斗、团结协作”的精神，根据《国家重点实验室建设与运行管理办法》和《国家重点实验室评估规则》的有关规定，高标准、严要求，继续推进实验室的建设和发展，继续在出高水平的成果和高水平的人才等方面取得新突破。